Redundante Bindungsliste

Eine alternative Schreibweise einer Connection Tabel (CT) in der Atomliste und Bindungsliste in einer Tabelle vereinigt sind, ist die Folgende: In der redundanten Form geben die ersten beiden Spalten die Atomindizes und die entsprechenden Elementsymbole an. Die Bindungsliste ist dabei als weiteres in die Tabelle integriert wo die Atome definiert werden wodurch die Atomliste durch die Bindungsliste erweitert wird.
Ein Atom kann mit mehreren anderen Atomen verbunden sein. Im Beispiel ist Atom mit dem Index 1 mit den Atomen 2, 4, 5 und 6 verbunden. Diese können auch in einer Zeile geschrieben werden. Somit enthält eine Zeile ein ausgewähltes Atom der Atomliste, gefolgt von allen mit diesem Atom verbundenen Atomindizes. Zusätzlich wird direkt nach jedem verbundenen Atomindex die Bindungsordnung eingefügt. Im Beispiel ist Atom 1 (ein Kohlenstoffatom) mit dem Kohlenstoffatom 2 und mit den Wasserstoffatomen 4, 5 und 6 jeweils über eine Einfachbindung verbunden.

Redundante Connection Table von Ethanal

Da jede Bindung zwei Atome verbindet und somit in der Connection Table doppelt aufgeführt ist, kann ähnlich wie bei den Matrizen, die redundante Information eliminiert werden. Weiterhin können auch Wasserstoffatome in "Standard" organischen Verbindungen vernachlässigt werden. Programme die Wasserstoffatome verarbeiten müssen, können diese aus den freien Valenzen (und der Bindungsordnung) der entsprechenden Atome ableiten. In allen anderen Fällen wie z.B. bei Organometalle, Metallkomplexe, einige Anorganika oder immer dann wenn Wasserstoffatome eine wichtige Rolle spielen müssen diese aufgeführt werden.

Durch beide Vereinfachungen (einfache Bindungsangabe und Vernachlässigung der Wasserstoffatome) wird eine komprimierte, nicht-redundante Bindungsliste erhalten, die alle Information der chemischen Struktur enthält.

Nicht-redundante Connection Table von Ethanal (einfache Bindungsangabe und Vernachlässigung der Wasserstoffatome)

© Prof. Dr. J. Gasteiger, Dr. Th. Engel, CCC Univ. Erlangen, Thu Dec 18 14:53:53 2003 GMT
 BMBF-Leitprojekt Vernetztes Studium - Chemie