Das kartesische Koordinatensystem

Im kartesischen Koordinatensystem werden die Atome nacheinander in beliebiger Reihenfolge mit ihren xyz-Raumkoordinaten zeilenweise aufgelistet. Die Konnektivitäts-Informationen können entweder aus den Bindungsdistanzen zwischen den Atomen näherungsweise impliziert werden, oder explizit in einer Bindungsliste (CT) angegeben werden.

Methan im kartesischen Koordinatensystem

Die meisten chemischen Standard-Dateiformate zum Abspeichern von 3D Strukturinformation (z.B. Molfile, xyz-File) enthalten sowohl xyz-Atomkoordinaten als auch eine Bindungsliste. Im PDB-File sind allerdings überwiegend (v.a. bei Proteinen) nur xyz-Atomkoordinaten enthalten und keine Angaben zur Konnektivität. Der vorhandene Bindungstyp muß somit aus den Atomabständen rekonstruiert werden, wobei Atomtyp, Ladung, Hybridisierungszustand etc. der verbundenen Atome zu berücksichtigen sind. Im Falle nicht-bindender Wechselwirkungen (z.B. Wasserstoff-Brückenbindung), kann dies zu Schwierigkeiten bzw. Mißinterpretation führen und damit zu gestörten 3D Molekülmodellen.

© Prof. Dr. J. Gasteiger, Dr. Th. Engel, CCC Univ. Erlangen, Thu Dec 18 14:53:54 2003 GMT
 BMBF-Leitprojekt Vernetztes Studium - Chemie