A.1 Rechenzeiten

In diesem Abschnitt sind Rechenzeiten für verschiedene Algorithmen des WODCA Systems zusammengefaßt.

Tabelle A - 1 (Seite A-3ff) enthält Rechenzeiten von Transformationen von Verbindungen mittels tcl-Skripts. Wo möglich, sind Vergleichszahlen für die analogen, compilierten Fortran-Funktionen angegeben.

Tabelle A - 2 auf Seite A-9f stellt Rechenzeiten der Analysefunktionen zur Suche nach strategischen Bindungen (tcl- und Forth-basiert) gegenüber.

Tab. A - 1 Rechenzeiten für verschiedene Tranformationsregeln, Kataloge und Maschinen

Transformation

Katalog

Rechner
Sun Sparc

Programmversion1

Prozeßzeit2
[s]

Systemzeit3
[s]

CPU-Zeit4
[s]

Zeit5

[h:min:s]

Zeit je Eintrag
[s]

6

Identität

Janssen

10/40

SunOS

2.445,7

3,0

2.448,7

0:41:10

0,3

·

Fluka

10/512

SunOS

6.198,0

5,6

6.203,6

1:44:05

0,4

·

Trivialnamen

10/512

SunOS

10.103,6

9,3

10.112,9

2:53:06

0,5

·

Elementaustausch und Austausch von ZHn-Gruppen

Janssen

10/40

SunOS

2.536,0

3,5

2.539,5

0:42:46

0,3

·

Fluka

10/40

SunOS

10.091,7

9,6

10.101,3

2:50:16

0,6

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

15.948,8

7,0

15.955,8

4:27:20

0,8

·

Größtes Ringsystem

Janssen

10/512

Solaris

8.664,2

2,4

8.666,6

2:24:38

1,0

Fluka

10/512

Solaris

17.166,8

6,0

17.172,8

4:47:27

1,0

Trivialnamen

10/40

SunOS

30.884,7

9,7

30.894,4

8:35:40

1,5

·

Substitutionspositionen auf dem reduzierten Ringsystem

Janssen

10/512

SunOS

6.116,4

3,9

6.120,3

1:45:00

0,7

·

Fluka

10/512

Solaris

18.866,3

5,7

18.872,0

5:17:44

1,1

Trivialnamen

10/512

SunOS

34.192,8

11,4

34.204,2

9:32:42

1,7

·

Substitutionspositionen auf dem Ringsystem

Janssen

10/40

SunOS

5.661,9

3,4

5.665,3

1:36:02

0,8

·

Fluka

10/51

SunOS

14.150,7

7,4

14.158,1

4:00:43

0,8

·

Ringe und C-Skelett

Janssen

10/512

Solaris

9.370,2

2,6

9.372,8

2:36:23

1,1

Fluka

10/512

Solaris

22.301,7

5,9

22.307,6

6:12:44

1,3

Trivialnamen

10/512

SunOS

36.884,8

10,6

36.895,4

10:38:18

1,8

C-Skelett

Janssen

10/512

Solaris

8.143,2

3,3

8.146,5

2:16:30

1,0

Fluka

10/512

Solaris

18.184,5

6,1

18.190,6

5:07:47

1,1

Trivialnamen

10/512

SunOS

31.068,0

13,7

31.081,7

9:18:46

1,5

Reduziertes C-Skelett

Janssen

10/512

Solaris

9.721,1

3,1

9.724,2

2:43:35

1,2

Fluka

10/512

Solaris

20.903,7

6,1

20.909,8

5:52:25

1,2

Trivialnamen

10/512

SunOS

37.821,6

12,1

37.833,7

10:31:49

1,8

Aromatensystem einschließlich -Atome

Janssen

10/512

Solaris

7.651,0

2,9

7.653,9

2:07:38

0,9

Fluka

10/51

SunOS

11.878,3

7,5

11.885,8

3:24:23

0,7

·

Trivialnamen

10/512

SunOS

20.762,4

11,2

20.773,6

5:49:35

1,0

·

C-Skelett einschließlich -Atome

Janssen

10/512

Solaris

12.860,7

3,0

12.863,7

3:38:21

1,5

Fluka

10/512

Solaris

28.742,4

6,3

28.748,7

14:43:46

1,7

Trivialnamen

10/51

SunOS

45.648,4

11,0

45.659,4

12:55:49

2,2

C-Skelett und Aromaten einschließlich -Atome

Janssen

10/512

Solaris

12.228,7

3,0

12.231,7

3:26:37

1,5

Fluka

10/512

Solaris

27.470,7

6,7

27.477,4

7:43:11

1,6

Trivialnamen

10/51

SunOS

45.237,7

10,0

45.247,7

12:45:56

2,2

Substitutionsmuster
(-AR+A1-CCMB-BO-MU)

Janssen

10/51

Solaris

10.058,0

2,8

10.060,8

2:51:06

1,2

Fluka

10/512

Solaris

22.149,6

7,0

22.156,6

6:14:29

1,3

Trivialnamen

10/512

SunOS

32.884,0

10,4

32.894,4

9:09:47

1,6

Substitutionsmuster
(-AR+A1+CCMB-BO-MU)

Janssen

10/51

Solaris

10.290,6

2,5

10.290,6

2:54:39

1,2

Fluka

10/40

Solaris

19.475,6

7,7

19.483,3

5:27:44

1,2

10/512

Solaris

22.336,1

6,6

22.342,7

6:16:11

1,3

Trivialnamen

10/512

SunOS

43.879,2

11,6

43.890,8

12:15:29

2,2

Substitutionsmuster
(-AR+A1-CCMB-BO+MU)

Janssen

10/51

Solaris

10.135,2

2,3

10.137,5

2:52:06

1,2

Fluka

10/512

Solaris

22.918,3

8,2

22.926,5

6:32:20

1,4

Trivialnamen

10/512

SunOS

32.659,5

10,1

32.669,6

9:06:35

1,6

Substitutionsmuster
(-AR+A1+CCMB-BO+MU)

Janssen

10/51

Solaris

12.481,7

2,4

12.484,1

3:31:38

1,5

Fluka

10/512

Solaris

22.317,5

7,4

22.324,9

6:38:50

1,3

Trivialnamen

10/40

SunOS

42.416,8

11,3

42.428,1

11:53:04

2,1

Substitutionsmuster
(-AR+A1-CCMB+BO+MU)

Janssen

10/51

Solaris

10.273,0

2,7

10.275,7

2:56:02

1,2

Fluka

10/512

Solaris

22.052,5

6,6

22.059,1

6:10:52

1,3

Trivialnamen

10/40

SunOS

42.358,5

10,6

42.369,1

13:20:15

2,1

Substitutionsmuster
(-AR+A1+CCMB+BO+MU)

Janssen

10/51

Solaris

10.287,2

2,9

10.290,1

2:54:36

1,2

Fluka

10/512

Solaris

23.076,6

7,6

23.084,2

6:27:41

1,4

Trivialnamen

10/40

SunOS

41.850,6

7,9

41.858,5

11:41:03

2,0

Substitutionsmuster
(-AR-A1-CCMB-BO-MU)

Janssen

10/512

Solaris

10.849,1

3,2

10.852,3

3:04:48

1,3

Fluka

10/512

Solaris

23.249,9

4,9

23.254,8

6:32:14

1,4

Trivialnamen

10/40

SunOS

44.350,5

7,9

44.358,4

12:22:40

2,2

·

Fortran-Rountine

Trivialnamen

10/512

SunOS

5.385,7

173,9

5.559,6

1:40:25

0,3

·

Substitutionsmuster
(-AR-A1+CCMB-BO-MU)

Janssen

10/512

Solaris

11.180,3

2,9

11.183,2

3:07:49

1,3

Fluka

10/512

Solaris

23.020,4

4,4

23.024,8

6:28:35

1,4

Trivialnamen

10/40

SunOS

54.314,9

8,1

54.323,0

15:09:50

2,7

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/512

SunOS

5.336,9

194,7

5.531,6

1:39:35

0,3

·

Substitutionsmuster
(-AR-A1-CCMB-BO+MU)

Janssen

10/512

Solaris

10.823,7

3,3

10.827,0

3:01:15

1,3

Fluka

10/512

Solaris

24.264,7

6,7

24.271,4

6:53:00

1,4

Trivialnamen

10/40

SunOS

44.534,2

8,9

44.543,1

12:40:32

2,2

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/512

SunOS

5.356,7

174,5

5.531,2

1:39:53

0,3

·

Substitutionsmuster
(-AR-A1+CCMB-BO+MU)

Janssen

10/512

Solaris

10.908,5

2,8

10.911,3

3:02:22

1,3

Fluka

10/512

Solaris

23.090,5

5,7

23.096,2

6:41:02

1,4

Trivialnamen

10/40

SunOS

44.326,7

8,4

44.335,1

12:22:39

2,2

Substitutionsmuster
(-AR-A1-CCMB+BO+MU)

Janssen

10/512

Solaris

11.159,2

2,9

11.162,1

3:06:11

1,3

Fluka

10/512

Solaris

22.639,9

4,4

22.644,3

6:20:12

1,4

Trivialnamen

10/40

SunOS

44.154,7

8,9

44.163,6

12:20:47

2,2

Substitutionsmuster
(-AR-A1+CCMB+BO+MU)

Janssen

10/512

Solaris

10.918,2

3,0

10.921,2

3:02:13

1,3

Fluka

10/512

Solaris

22.877,2

4,4

22.881,6

6:23:44

1,4

Trivialnamen

10/40

SunOS

43.887,9

8,3

43.896,2

12:14:32

2,2

Maximale Oxidation

Janssen

10/512

SunOS

6.889,0

3,1

6.892,1

1:55:18

0,8

·

Fluka

10/512

SunOS

32.168,6

7,2

32.175,8

8:59:44

1,9

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

54.102,2

9,1

54.111,3

15:05:07

2,6

·

C-Skelett einschließlich -Atome und maximale Oxidation

Janssen

10/40

SunOS

15.686,9

3,7

15.690,6

4:22:31

1,9

·

Fluka

10/40

SunOS

60.072,2

9,4

60.081,6

16:46:06

3,6

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

100.227,2

15,2

100.242,4

28:46:35

4,9

·

Maximale Reduktion

Janssen

10/40

SunOS

9.061,8

3,6

9.065,4

2:32:05

1,1

·

Fluka

10/40

SunOS

25.063,3

8,3

25.071,6

7:00:17

1,5

·

Trivialnamen

10/512

SunOS

37.901,9

11,1

37.913,0

10:32:27

1,8

·

C-Skelett einschließlich -Atome und maximale Reduktion

Janssen

10/40

SunOS

14.387,2

3,6

14.390,8

4:00:47

1,7

·

Fluka

10/40

SunOS

44.767,5

12,2

44.779,7

12:42:09

2,7

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

79.735,6

14,0

79.749,6

22:16:09

3,9

·

Maximale Reduktion
(ohne Aromaten)

Janssen

10/40

SunOS

7.010,9

3,5

7.014,4

1:57:41

0,8

·

Fluka

10/40

SunOS

21.988,2

9,5

21.997,7

6:14:55

1,3

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

40.289,1

12,3

40.301,4

18:47:57

2,0

·

Maximale Reduktion
(ohne C-Aromaten)

Janssen

10/40

SunOS

7.115,5

3,4

7.118,9

1:59:22

0,8

·

Fluka

10/40

SunOS

22.242,6

7,9

22.250,5

6:13:18

1,3

·

Trivialnamen

10/512

Solaris

31.508,1

9,8

31.517,9

8:45:54

1,5

Hydrolyse ohne Aromatensubstituenten

Janssen

10/512

SunOS

5.600,7

2,3

5.603,0

1:33:55

0,7

·

Fluka

10/40

SunOS

20.644,1

7,6

20.651,7

5:46:27

1,2

·

Trivialnamen

10/51

SunOS

30.332,1

8,5

30.340,6

8:38:36

1,5

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/512

SunOS

5.405,0

220,7

5.625,7

2:00:25

0,3

·

Hydrolyse einschließlich Aromatensubstituenten

Janssen

10/40

SunOS

7.403,2

3,3

7.406,5

2:04:01

0,9

·

Fluka

10/40

SunOS

21.858,4

7,3

21.865,7

6:06:44

1,3

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

36.791,7

7,9

36.799,6

10:16:35

1,8

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/512

SunOS

5.576,1

211,3

5.787,4

1:55:33

0,3

·

Hydrolyse ohne Aromatensubstituenten und Oxidation

Janssen

10/40

SunOS

13.803,0

3,5

13.806,5

3:51:08

1,6

·

Fluka

10/40

SunOS

49.525,1

9,4

49.534,5

13:50:23

3,0

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

85.920,9

17,0

85.937,9

24:17:49

4,2

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/512

SunOS

6.063,6

227,7

6.291,3

2:14:18

0,3

·

Hydrolyse einschließlich Aromatensubstituenten und Oxidation

Janssen

10/512

SunOS

12.292,3

5,0

12.297,3

5:06:05

1,4

·

Trivialnamen

10/512

SunOS

69.912,7

10,9

69.923,6

19:29:48

3,4

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/512

SunOS

5.705,3

203,7

5.909,0

1:54:21

0,3

·

Eliminierung

Janssen

10/512

SunOS

5.244,1

7,9

5.252,0

1:33:31

0,6

Fluka

10/512

Solaris

12.702,8

28,7

12.731,5

3:32:59

0,7

Eliminierung und Substitutionsmuster

Janssen

10/512

Solaris

14.594,7

3,4

14.598,1

4:03:31

1,7

Fluka

10/512

Solaris

32.233,8

27,5

32.261,3

9:00:35

1,9

Trivialnamen

10/512

SunOS

60.610,9

24,2

60.616,1

16:53:20

3,0

C-Skelett einschließlich Aromaten mit -Atomen und Eliminierung

Janssen

10/512

SunOS

14.895,7

5,2

14.900,9

5:16:51

1,8

·

Fluka

10/512

Solaris

26.841,1

13,7

26.854,8

7:33:56

1,6

Trivialnamen

10/51

SunOS

70.311,6

24,7

70.336,3

19:55:10

3,4

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/512

SunOS

9.266,8

203,6

9.470,4

2:44:32

0,5

·

Ozonolyse

Janssen

10/51

SunOS

4.113,8

3,3

4.117,1

1:10:23

0,5

·

Fluka

10/40

SunOS

14.715,4

7,3

14.722,7

4:06:28

0,9

·

Trivialnamen

10/40

SunOS

27.647,2

7,4

27.654,6

7:42:56

1,4

·

Fortran-Routine

Trivialnamen

10/51

SunOS

6.137,6

162,6

6.300,2

2:06:08

0,3

·

Ozonolyse und Substitutionsmuster

Janssen

10/51

Solaris

10.356,8

3,2

10.360,0

3:02:29

1,2

Fluka

10/512

Solaris

22.384,0

7,0

22.391,0

6:16:44

1,3

Trivialnamen

10/40

SunOS

45.541,2

8,8

45.550,0

12:39:01

2,2

1
Die verwendeten Rechner benutzen als Betriebssystem Solaris 2.4 (kurz: Solaris). Es ist jedoch möglich auch für SunOS 4.1.3 (kurz: SunOS) compilierte Programme unter diesem Betriebssytem laufen zu lassen. Das bedeutet jedoch eine langsamere Ausführung des Programms.
2
CPU-Zeit des eigentlichen Prozesses.
3
CPU-Zeit, die der Prozesses für Systemfunktionen benötigte.
4
Summe aus Prozeß- und Systemzeit.
5
Verstrichene Zeit für den Prozeß, das ist die reale Zeit die dieser Prozeß zusammen mit anderen Prozessen brauchte.
6
Mit · sind Zeiten markiert, die in Abbildung 3 - 2 auf Seite 38 verwendet wurden.

Tab. A - 2 Rechenzeiten1 von Retrosynthesefunktionen auf der Basis der alten (Forth) bzw. neuen (tcl) Implementation auf einer Sun Sparc 10/20 unter SunOS. Anmerkungen siehe folgende Seite.

Verbindung

Methode

Implementation

Forth 2

tcl 3

Ring-Strategie

2

0,8

Ring-Strategie

2

0,9

Ring-Strategie

1

0,8

Ring-Strategie

1

1,0

Ring-Strategie

1

1,0

Ring-Strategie

1

1,0

Ring-Strategie

1

0,9

Ring-Strategie

1

0,9

Ring-Strategie

2

1,0

CX-Strategie

3

1,2

1
Gemessen wurde die real verstrichene Zeit (elapsed time) zur Abarbeitung der entsprechenden Funktionen, jedoch nicht die textuelle oder graphische Ausgabe der Resultate.
2
Zeitmessung mittels der Fortran77 time-Funktion. Die Zeit wird als Differenz zwischen dem Anfangszeitpunkt der Forth-Funktion und ihrem Ende ermittelt. Diese time-Funktion arbeitet auf Sekunden genau.
3
Zeitmessung mittels der tcl time-Funktion. Anfangs- und Endzeitpunkt werden hier in Mikrosekunden gemessen. Die Angaben sind auf Sekunden gerundet.