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6.4. Vorbehandlungen für Ensembles

Neben der reinen Reaktionsgenerierung für die einzelnen Reaktionstypen beinhaltet die Definition der Regeln auch Teile für die Vorbehandlung der Ausgangsmaterialien und Edukte von Reaktionen. Der Funktionsumfang ist der gleiche, wie der der Reaktionsgenerierung (siehe 6.6.1).

6.4.1. Ausgangsmaterialien

In der Vorbehandlung der Ausgangsmaterialien kann beispielsweise die Initialisierung von Umlagerungszählern stattfinden, wie sie für die Einschränkung der Wasserstoffumlagerungen für die Fragmentierungsregeln zur Analyse und Vorhersage von Massenspektren verwendet wurde (siehe 4.2.2.4). Auch die Bestimmung der maximalen Anzahl von Wasserstoffumlagerungen für die verschiedenen Atome im Ausgangsmaterial kann hier durchgeführt werden. Bisher wurde dies durch ein eigenes Programm vor der Generierung des Reaktionsnetzwerks mit MASSIMO durchgeführt. Die Vorbehandlung kann aber auch dazu dienen, Teile von Molekülen zu markieren, die nicht bzw. ausschließlich reaktiv sind.

Hat man bei der Initialisierung die Zeiger auf Vektoren für die Startphase, die Startkonzentration und/oder den Zufluß der Verbindungen an EROS7 übergeben, kann man diese für jedes neue Aggregat als Ausgangsmaterial während der Vorbehandlung der Ausgangsmaterialien festlegen, wenn dies noch nicht geschehen ist. Numeriert man die Ausgangsmaterialien, wie sie der Vorbehandlung zugeführt werden, von null beginnend durch, kann durch das Setzen dieses Elements des Vektors die Startphase, Startkonzentration bzw. der Zufluß definiert werden. Dazu werden der Reihenfolge nach die Aggregat eins, zwei, usw. für alle Aufrufe der Vorbehandlung der Ausgangsmaterialien genommen, wobei mehrfach enthaltene Aggregate nur das erste Mal mitgezählt werden. Häufig werden diese Angaben in Abhängigkeit von bestimmten Strukturelementen der Aggregate festgelegt werden.

6.4.2. Eduktensembles

Die Vorbehandlung der Edukte wird durchgeführt, bevor alle konkurrierenden Reaktionen, die von einem Eduktensemble ausgehen, gesucht und vorgenommen werden. Es können hier Berechnungen angestellt werden, die dann bei der Suche der Reaktionssubstrukturen für die Entscheidungen, welche Reaktionen ablaufen und wie gut, herangezogen werden können. Es ist aber auch möglich, EROS7 mitzuteilen, daß ausgehend von diesem Ensemble keine Reaktionen erzeugt werden sollen. Dies kann dazu verwendet werden, die bei massenspektroskopischen Prozessen abgespaltenen Neutralfragmente von einer weiteren Fragmentierung auszuschließen. Dazu werden alle neutralen Moleküle von der Reaktionsgenerierung ausgenommen, bei denen die Reaktionen nicht in der ersten Reaktionsebene gemacht würden. Ohne diese Ausnahme der ersten Reaktionsebene würden auch die Ionisationsreaktionen ausgeschlossen, was dazu führte, daß überhaupt keine Reaktion erzeugt würde. Es können aber auch Teile von Molekülen mit einer bestimmten Bedeutung, z.B. funktionelle Gruppen, markiert werden, die zur Entscheidung, wo eine Reaktion stattfindet, herangezogen werden können.

Desweiteren kann man, wie in EROS5, kleine Moleküle hinzufügen, die für eine Syntheseplanung benötigt werden. Günstiger ist es allerdings diese während der Reaktion selbst hinzuzufügen, da hier selektiv zum Beispiel Wasser für eine Hydrolyse addiert werden kann. Geschieht die Addition von Wasser während der Vorbehandlung des Eduktensembles, wird in jeder Reaktionsebene ein Wassermolekül hinzugefügt, ob es benötigt wird oder nicht.



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