Datenformate

Aus der Vielzahl der in der Chemo- und Bioinformatik verwendeten Programme, die meist eigene Dateiformate erzeugen, hat sich v.a. das Mol- und das PDB-File als Standardformat durchgesetzt. Diese Strukturdateien enthalten die notwendigste Information, welche eine Molekülstruktur beinhalten muß: Angaben über Atomart, Atomanzahl und Bindungsart. Weiterhin kann die Lage der Atome im Raum (Atomkoordinaten) in der Datei festgehalten werden, denn die Moleküle sind naturgemäß räumliche, dreidimensionale Gebilde.

Die angesprochenen Strukturinformationen müssen nicht mehr aufwendig manuell in ASCII-Dateien eingegeben werden, sondern werden automatisch mit sogenannten Struktur- oder Moleküleditoren erzeugt. Diese erlauben die Eingabe einer chemischen Struktur durch einfaches Zeichnen. Ein nachfolgendes Abspeichern kann dann entweder eine Grafik (gif, jpg, svg) oder eine Datei zum Strukturaustausch (mol, pdb, etc) erzeugen.

Mit den Molekülen, die in diesen Dateiaustauschformaten vorliegen, lassen sich nun viele weitere Anwendungen wie z.B. 3D-Visualisierung in Viewer, Datenanalyse, Datenbankaufbau, etc. vornehmen.

Überblick über die unterschiedlichen Formate und Dateiendungen

© Prof. Dr. J. Gasteiger, Dr. Th. Engel, CCC Univ. Erlangen, Wed Apr 7 12:05:54 2004 GMT
 BMBF-Leitprojekt Vernetztes Studium - Chemie