Prinzipielles zu Struktureditoren

Die meisten der konventionellen Stand-alone Zeichen- und Visualisierungs-Programme laufen mittlerweile auf PCs mit dem Betriebssystem MS-Windows, und nur wenige sind unter Unix/Linux oder für Macintosh vorhanden.
Einfache, für die Chemie relevante Zeichenwerkzeuge und Textgestaltungsmöglichkeiten, wie z.B. unterschiedliche Bindungstypen (einfach, doppel, etc.) und das Einfügen von Elementsymbole ist natürlich bei den hier besprochenen Editoren verfügbar. Die Menge der zusätzlichen Fähigkeiten ist ausnahmsweise mal nicht vom Preis abhängig.
Normalerweise erstellt das Strukturzeichen-Programm bzw. der Moleküleditor nur zweidimensionale Strukturformeln. Stereochemische Informationen wie R/S können in der Zeichnung als Keil- oder Strich-Bindungen symbolisiert werden. Oft ist jedoch die 3D Geometrie (3D Koordinaten der Atome) eines Moleküls erforderlich, weshalb diese aus der zweidimensionalen Struktur mit Hilfe eines 3D-Struktur-Generators errechnet werden muß. Einige Editoren haben diese Fähigkeit bereits integriert.
Eine sehr wichtige Option eines Strukturzeichenprogramms ist, die Struktur auch in Dateiformate abzuspeichern, die die Bindungsinformation enthalten (z.B. MDL Molfile - *.mol, PDB - *.pdb). Dadurch kann die Struktur mit anderen Programmen ausgetauscht werden. Diese Dateitypen sind meist ASCII Textdateien und decken internationale Standards zur Spezifikationen eines Moleküls ab, wie z.B. Atom- und Bindungstyp oder Konnektivitäten (Connection Table). Weiterhin können die Dateien bzw. Strukturen als Eingabemöglichkeit für weiterführende chemische Software dienen, wie z.B. zur Quantenmechanik oder für Berechnungen von molekularen Eigenschaften.

© Prof. Dr. J. Gasteiger, Dr. Th. Engel, CCC Univ. Erlangen, Wed Apr 7 12:05:53 2004 GMT
 BMBF-Leitprojekt Vernetztes Studium - Chemie