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Chemoinformatik
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Beurteilung der Matrizendarstellungen

 

Vorteile Nachteile
Matrizen allgemein
 
  • Molekül-Graph ist vollständig codiert (jedes Atom und jede Bindung ist repräsentiert)
  • Matrizen-Algebra kann angewandt werden
  • die Anzahl der Matrizen-Einträge wächst quadratisch mit der Anzahl der Atome (n2)
  • keine Stereochemie enthalten
Adjazenz-Matrix
 
  • beschreibt Atom-Verknüpfungen
  • enthält nur 0 und 1 (Bits)
  • keine Bindungstypen und Bindungsordnung
  • keine Anzahl an freien Elektronen
Distanz-Matrix
 
  • beschreibt geometrische Distanzen
  • keine Bindungstypen und Bindungsordnung
  • keine Anzahl an freien Elektronen
  • kann nicht in Bits dargestellt werden
Inzidenz-Matrix
 
  • beschreibt Verknüpfungen und Bindungen
  • enthält nur 0 und 1 (Bits)
  • keine Bindungstypen und Bindungsordnung
  • keine Anzahl an freien Elektronen
Bindungs-Matrix
 
  • beschreibt Verknüpfungen und Bindungsordnungen der Atome
  • keine Anzahl an freien Elektronen
  • kann nicht in Bits dargestellt werden
Bindungs-Elektronen-Matrix
 
  • beschreibt Verknüpfungen, Bindungsordnungen und Valenzelektronen der Atome
  • kann nicht in Bits dargestellt werden
Bindungsliste (Connection Table)
 
  • Graph ist vollständig codiert
  • prägnanter Code
  • Anzahl der Einträge wächst linear mit der Anzahl der Atome
  • Atomtypen, Verknüpfungen und Bindungsordnungen werden getrennt beschrieben
  • Erweiterungen erlauben das Hinzufügen von Informationen wie z.B. freie Elektronen, Stereochemie, etc.
  • weit verbreitete Darstellung chemischer Struktur-Information
  • die meisten kompakten Codes lassen H-Atome weg; diese können aber indirekt abgeleitet werden
  • kann nicht in Bits dargestellt werden

© Prof. Dr. J. Gasteiger, Dr. Th. Engel, CCC Univ. Erlangen, Thu Dec 18 14:53:53 2003 GMT
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