Externe/Interne Bindungslisten

Eine Bindungsliste (Connection Table = CT) kann mit vielen anderen Listen erweitert werden, wie z.B. Liste von freien Elektronen, Atomladungen etc. Dadurch kann alle Information, die auch in einer BE-Matrix enthalten ist, in einer Bindungsliste gespeichert werden.

Wenn die Nummerierung der Atome verändert wird, wird sich auch das Aussehen der Bindungsliste verändern. Somit ist die Darstellung der chemischen Struktur in einer Bindungsliste eindeutig aber nicht eineindeutig. Dies kann nur durch eine einmalige Nummerierung (Kanonisierung) erreicht werden.

Fast alle chemischen Informationsysteme arbeiten mit eigenen speziellen Bindungslistentypen. Oft werden verschiedene Formate benutzt, die zwischen internen und externen Bindungslisten unterscheiden.
Meistens sind interne Bindungslisten redundant, was eine maximale Flexibilität und Schnelligkeit in der Datenprozessierung erlaubt. Externe Bindungslisten sind meist nicht-redundant um Speicherplatz zu sparen. Obwohl eine Bindungsliste in vielen verschiedenen Arten dargestellt werden kann, ist der Kern immer gleich: Atomliste und Bindungsliste. Das erlaubt eine einfache Umwandlung von einem Bindungslisten-Typ in einen anderen.

Das bekannteste Dateiformat, welches eine Bindungsliste enthält, ist das Molfile. Das PDB-Format kann, muß aber keine Bindungsliste enthalten. Mehr Information hierzu ist später zu finden.

© Prof. Dr. J. Gasteiger, Dr. Th. Engel, CCC Univ. Erlangen, Thu Dec 18 14:53:53 2003 GMT
 BMBF-Leitprojekt Vernetztes Studium - Chemie