Fragmentcodierung

Fragmentcodierungen haben in chemischen Informations-Systemen schon immer eine wichtige Rolle gespielt. Grundsätzlich sind sie indizierende Ausdrücke von chemischen Strukturen. So wie ein Dokument über bestimmte Schlüsselwörter indiziert werden kann, ist es möglich eine chemische Struktur über bestimmte chemische Merkmale zu indizieren. Diese sind normalerweise kleinere Atomverbände oder funktionelle Gruppen, Ringsysteme etc., die vordefiniert (vorher festgelegt) werden. In den ersten Informations-Systemen wurden die Fragmente manuell identifiziert und auf Lochkarten dargestellt. Je nach System ist es sinnvoll unterschiedliche Fragmentcodes zu definieren.
Im Gegensatz zur Linearnotation bzw. der Bindungsliste sind Fragmentcodes mehrdeutig, also nicht eindeutige Strukturrepräsentationen. Mehrere, unterschiedliche Strukturen können alle den gleichen Fragmentcode besitzen.
Die Fragmentcodierung ist heute noch sehr wichtig in Patentdatenbanken (z.B. Derwent) wo unter anderem sogenannte Markush-Strukturen abgelegt werden (s. Patentdatenbanken) .

Mögliche Fragmente: -OH >C=O -COOH -NH2 -Ph

Mögliche Fragmente von Phenylalanin als Beispiel einer Fragmentierung

© Prof. Dr. J. Gasteiger, Dr. Th. Engel, CCC Univ. Erlangen, Thu Dec 18 14:53:53 2003 GMT
 BMBF-Leitprojekt Vernetztes Studium - Chemie